Von 795 an plünderten die Wikinger stets wieder Siedlungen an der irischen Küste. Bald fingen sie auch an, in so genannten "Longphorts" zu überwintern. Ein solcher Longphort wurde 853 in Waterford eingerichtet. 902 wurden die Wikinger von den irischen Einwohnern vertrieben und die Siedlungen und Überwinterungsmöglichkeiten zurückgelassen. Nach der irischen Chronik kamen die Wikinger 914 nach Irland zurück und gründeten Waterford als Irlands erste Stadt.

1137 versuchte Diarmaid MacMurchada, König von Leinster, vergeblich Waterford zu erobern. Er verfolgte den Plan, die großen Zentren Irlands unter seine Kontrolle zu bringen, um seinen Anspruch, Großkönig von Irland zu werden, zu untermauern. 1170 verbündete sich MacMurchada mit Richard deClare, oder Strongbow, Earl of Pembroke, und belagerte Waterford. Nach heftigem Widerstand fiel die Stadt. 1171 setzte König Henry II. von England als erster englischer König seinen Fuß auf irischen Boden. Er kam mit einer großen Flotte nach Waterford um zu verhindern, dass in Irland ein normannisches Königreich in Konkurrenz zu England entstand, sondern Irland statt dessen englische Kolonie wurde. Dublin und Waterford wurden als Königsstädte erklärt, die dem König direkt unterstanden.

Im Mittelalter war Waterford nach Dublin die zweitwichtigste Stadt in Irland. Das "Great Parchment Book" (1361-1649) verkörpert den frühesten Gebrauch des Englischen als Amtssprache in Irland. In dem 15. Jahrhundert widerstand Waterford zwei Aufrühreren und Anwärtern auf den englischen Thron, Lambert Simnel und Perkin Warbeck. Danach erhielt die Stadt von König Henry VII. ihr Motto Urbs Intacta Manet Waterfordia (Waterford bleibt die nichteingenommene Stadt).

Trotz der englischen Kirchenspaltung blieb Waterford eine katholische Stadt und betrieb in der Konföderation von Kilkenny die Loslösung von der englischen Herrschaft. Diese Bestrebungeun wurden durch Oliver Cromwell beendet, der ganz Irland wieder fest unter englische Herrschaft brachte. Sein Neffe Ireton eroberte Waterford 1651.

Das 18. Jahrhundert war eine Blütezeit in Waterford. Die meisten der bedeutendsten Gebäude stammen aus dieser Zeit. Der Handel, vor allem mit Neufundland, brachte Reichtum in die Stadt. In dem 19. Jahrhundert siedelten sich Glas- und Schiffbauindustrie an.

Im Umland gibt es drei Flüsse, die "The Three Sisters" genannt werden:
River Barrow , River Nore und River Suir .